一、政府機關的預算與人力因素
衛生署食品衛生處，原先擬以行政辦法來做健康食品管理的準則，但是在立法院希望能做世界第一個將「健康食品」等同「藥品」一樣管理的理想下，「健康食品管理法」在88年2月通過，88年8月正式施行。由於預算並沒有增加，亦無專屬專屬人員編制，雖然在主管官員及學、研各界的努力執行下，審查及法規修訂作業正常進行，且日漸完備，但在預算及人力必須同時處理其他主管業務的困擾下，而無法投注在健康食品管理法及相關訊息的宣傳與教育。因此，真正了解「健康食品認證制度」的廠家並不多，尤其絕大部分在這幾年中投入保健市場的新興生技公司或銷售公司，都對相關法規不夠了解，更別說是一般的消費大眾！
二、多數廠家不了解實際的申請或審查流程
對大多數從事健康保健食品生產製造或進口行銷的廠商來說，健康食品「字號」或「執照」的申請是一件非常複雜難懂的事情。從產品的功效性分類如何決定？是申請「降血脂」、「改善腸胃道」、還是「免疫調節」？到食材的的安全性分類如何決定？是歸在第一、第二、 ... ...
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